Θα πρέπει να διαβάσεις για Exceptions (try/except blocks).
Εν ολίγοις γράφεις την «επικινδυνη» γραμμή κώδικα μέσα σε ένα try block και στη συνέχεια αν πεταχτει Error (ValueError στην περίπτωσή σου) το πιάνεις και το κάνεις handle όπως νομίζεις καλύτερα.
Δες πχ εδώ που δίνω αρνητική τιμή στην ρίζα
from math import sqrt
discriminant = -5
try:
x = sqrt(discriminant)
except ValueError:
print("Negative discriminant")
else:
print("The root is %f" % x)