Φτιάξε ένα script που θα τρέχει ανα τακτά χρονικά διαστήματα (με browser refresh ή ακόμα καλύτερα με cron job ή watch, εσύ θα κρίνεις) και θα κάνει INSERT ON DUPLICATE KEY ή DELETE τις παλιές εγγραφές και INSERT τις καινούργιες.
Το τι ακριβώς πρέπει να κάνεις εξαρτάται από το τι και πως γίνεται update στην ιστοσελίδα.
Γίνονται update οι παλιές εγγραφές; Προστίθονται νέες; Γίνεται αντικατάσταση των παλαιών εγγραφών από νέες; Πρέπει να το δεις και να πράξεις ανάλογα.
Πάντως για να χρειαστεί να ξαναδημιουργείς τους πίνακες δεν νομίζω πως θα χρειαστεί. Είναι ακραίο σενάριο που συνήθως σημαίνει οτι αλλάζει η δομή του πίνακα.