Δίκιο έχεις. Δοκίμασα να τα ονομάσω fonien2/3 και όταν έκανα print:
print 'fonien', fonien
print 'fonien2',fonien2
print 'fonien3', fonien3
μου έβγαλε
fonien ['\xce\xb1', '\xce\xb5', '\xce\xb7', '\xce\xb9', '\xce\xbf', '\xcf\x85', '\xcf\x89']
fonien2 ['\xce\xb1\xce\xb9', '\xce\xb5\xce\xb9', '\xce\xbf\xce\xb9', '\xcf\x85\xce\xb9', '\xce\xb1\xcf\x85', '\xce\xb5\xcf\x85', '\xce\xac\xce\xb9', '\xce\xac\xce\xb7', '\xcf\x8c\xce\xb9', '\xcf\x8c\xce\xb7', '\xce\xb9\xce\xb1', '\xce\xb9\xce\xbf']
fonien3 ['\xce\xbf\xce\xb9\xce\xbf', '\xce\xb5\xce\xb9\xce\xbf', '\xcf\x85\xce\xbf\xcf\x82', '\xce\xb9\xce\xbf\xcf\x85']
Θέλω όμως να βλέπω τι γίνεται, για να την παλαίψω με το debug. Οπόταν δοκίμαστα τα unicode_literals και μου έβγαλε
fonien [u'\u03b1', u'\u03b5', u'\u03b7', u'\u03b9', u'\u03bf', u'\u03c5', u'\u03c9']
fonien2 [u'\u03b1\u03b9', u'\u03b5\u03b9', u'\u03bf\u03b9', u'\u03c5\u03b9', u'\u03b1\u03c5', u'\u03b5\u03c5', u'\u03ac\u03b9', u'\u03ac\u03b7', u'\u03cc\u03b9', u'\u03cc\u03b7', u'\u03b9\u03b1', u'\u03b9\u03bf']
fonien3 [u'\u03bf\u03b9\u03bf', u'\u03b5\u03b9\u03bf', u'\u03c5\u03bf\u03c2', u'\u03b9\u03bf\u03c5']
Δοκίμασα να αλλάξω γραμματοσειρά στο Spyder, αλλά ούτε η Courier New που ξέρω ότι έχει ελληνικά δούλεψε. Δοκίμασα και στο IDLE IDE αλλά δεν δούλεψε ούτε εκεί. Καμιά ιδέα;